Сегодня в ревматологии все большее внимание уделяется выявлению заболеваний на максимально ранних (преклинических) стадиях, что может способствовать более благоприятному ответу на терапию. Предполагается, что доклинический период системной аутоиммунной реакции связан с нарушением регуляции иммунных взаимодействий с синантропной микрофлорой. С помощью метода секвенирования были исследованы отклонения в разнообразии микрофлоры кишечника у больных ревматоидным артритом, анкилозирующим спондилитом, псориатическим артритом. Однако остается ряд нерешенных вопросов, поскольку основное внимание уделялось каталогизации присутствующих микроорганизмов и выявлению корреляций между микробными видами и заболеваниями. Главным отличием будущих исследований микробиома у больных с иммуновоспалительными заболеваниями должно стать более пристальное изучение функций компонентов микробиоты, а не только их описание. Необходимы долговременные исследования со сбором образцов кишечного микробиома в нескольких временных интервалах: до назначения базисной противовоспалительной терапии и на фоне неэффективной терапии. Такие исследования будут способствовать разработке новых диагностических и терапевтических вмешательств. Пока они не завершены, преждевременно рекомендовать проведение анализа микробиома в качестве диагностического или прогностического инструмента клинической практики при ревматических заболеваниях.